La pandémie de COVID-19 a entraîné de nombreux défis, notamment l’émergence de diverses variantes du SRAS-CoV-2. Ces variantes ont soulevé des questions quant à leur impact sur la santé publique, les taux de transmission et l’efficacité des mesures préventives existantes.
Dans cet article de blog complet, nous discuterons du monde des variantes du COVID, mettant en lumière leur découverte, leurs taux d’infection et d’autres détails essentiels. De la variante Omicron au Delta et à ses sous-variantes, Beta, Alpha, Epsilon, Eta, Iota, Kappa, Zeta et Mu, nous explorons le paysage diversifié des mutations du SRAS-CoV-2.
Types de variantes de COVID
Le SRAS-CoV-2, le virus responsable du COVID-19, est un virus hautement muté.
Au fil des années, l’Organisation mondiale de la santé (OMS) a signalé de nombreuses variantes et sous-variantes, notamment les suivantes :
Omicron et ses sous-variantes
La variante Omicron du SRAS-CoV-2 a attiré une attention particulière lorsqu’elle a été identifiée pour la première fois fin 2021. Cette variante porte de nombreuses mutations dans la protéine de pointe, ce qui a soulevé des inquiétudes quant à son impact potentiel sur la transmissibilité et la gravité de la maladie.
Omicron est connu pour son nombre élevé de mutations de la protéine Spike, ce qui peut lui permettre d’échapper à des réponses immunitaires spécifiques et potentiellement augmenter sa capacité à infecter des individus précédemment infectés ou vaccinés.
Alors que la communauté scientifique continue d’étudier l’infection par Omicron, des sous-variantes de cette variante ont également été identifiées. Ces nouvelles variantes sont des souches distinctes qui partagent des similitudes avec la variante Omicron mais peuvent présenter des ensembles uniques de mutations.
Selon l’OMS, Omicron est le variant dominant observé depuis 2022, et ils ont pu identifier de nombreux sous-variants, bien plus que ce qu’ils ont découvert avec d’autres variants.
Ces sous-variantes proviennent de ces lignées parentales :
- 1
- 2
- 4
- 5
Variantes d’intérêt actuellement reconnues
COVID-19 souches XBB. 1.5 et XBB. 1.16 qui descendent de la variante Omicron sont les variantes d’intérêt actuellement reconnues par l’OMS au 05 juin 2023.
Variantes actuellement reconnues sous surveillance
Ces souches, qui proviennent toutes du variant Omicron, sont les variants du virus actuellement considérés comme des variants sous surveillance (VUM) au 17 mai 2023 :
- 2.75
- 1.1
- 1
- XBB
- 1.9.1
- 1.9.2
- 1.9.3
Bien que tout cela soit préoccupant, certains variants omicrons, tels que le BA.5, sont plus susceptibles de provoquer une maladie moins grave que d’autres variants préoccupants.
Delta
La variante Delta, également connue sous le nom de B.1.617.2, est une variante hautement transmissible du virus SARS-CoV-2 responsable de la maladie à coronavirus. Elle a été identifiée pour la première fois fin 2020 en Inde et s’est depuis propagée à de nombreux pays, devenant une souche dominante dans de nombreuses régions. La variante Delta a suscité une attention considérable en raison de sa transmissibilité accrue par rapport aux souches virales antérieures.
La variante Delta est connue pour être très contagieuse, des recherches suggérant que cette variante se propage plus facilement d’une personne à l’autre que les variantes précédentes. On estime qu’il est jusqu’à 60 % plus transmissible que la variante Alpha, qui était plus transmissible que la souche originale du virus.
Cette variante du coronavirus a été associée à un risque accru d’hospitalisation et de maladie grave. Des études ont indiqué que les personnes infectées par la variante Delta sont plus susceptibles de nécessiter une hospitalisation que celles infectées par des souches antérieures.
La variante est également liée à un risque plus élevé de développer des symptômes respiratoires graves, en particulier parmi les personnes précédemment infectées et non vaccinées.
Bien que des infections révolutionnaires puissent survenir, les vaccins ont montré des effets dans la prévention des maladies graves, des hospitalisations et des décès. Cependant, certaines études suggèrent que la variante Delta pourrait être moins sensible à l’immunité induite par le vaccin que les souches antérieures.
Delta AY.4.2*
Delta AY.4.2 est une lignée de la variante Delta et est également appelée « Delta Plus ». À la mi-octobre 2021, la sous-lignée AY.4.2 Delta a été élargie en Angleterre et a été étroitement surveillée et évaluée.
Cette sous-lignée possède des mutations de protéines de pointe, à savoir A222V et Y145H, bien qu’ils ne soient pas considérés comme préoccupants. Certains experts ont suggéré que l’AY.4.2 pourrait être environ 10 à 15 % plus transmissible que la variante Delta d’origine.
À cette époque, AY.4.2 représentait environ 10 % des cas, ce qui entraînait un taux de croissance supplémentaire d’environ 1 % (10 % de 10 %) tous les cinq jours.
Les symptômes de cette infection ressemblent à ceux d’un gros rhume et les gens ont tendance à négliger la nécessité de l’isolement et des tests, qui affectent également le contrôle de la maladie et la prévention des infections.
bêta
La variante bêta, également connue sous le nom de B.1.351, est une souche du virus SARS-CoV-2 responsable du COVID-19. Il a été identifié pour la première fois fin 2020 en Afrique du Sud et a depuis été détecté dans divers pays du monde.
Bien qu’elle ne soit pas aussi hautement transmissible que la variante Delta, la variante Beta a montré sa capacité à se propager plus facilement que la souche originale du SRAS-CoV-2.
L’une des principales préoccupations entourant la variante bêta est sa capacité à provoquer une fuite immunitaire et à réduire l’efficacité de certains vaccins contre la COVID-19. Des études ont suggéré que le variant pourrait être moins sensible à la neutralisation par les anticorps générés par la vaccination ou une infection antérieure.
Les vaccins protègent contre les maladies graves, l’hospitalisation et la mort, même dans le cas de la variante bêta.
Alpha
La variante Alpha du SRAS-CoV-2 (B.1.1.7), identifiée pour la première fois au Royaume-Uni, est hautement transmissible et s'est propagée dans de nombreux pays. Bien qu’il soit plus contagieux que les souches antérieures, les preuves actuelles suggèrent qu’il ne provoque pas de maladie plus grave que les autres variantes du coronavirus.
Les vaccins contre la COVID-19 restent efficaces contre le variant Alpha, et les mesures de santé publique restent cruciales pour contrôler sa propagation.
Epsilon
La variante Epsilon du SRAS-CoV-2, également connue sous le nom de B.1.427/B.1.429, est une souche du virus responsable du COVID-19. Il a été identifié pour la première fois en Californie, aux États-Unis, début 2021. Le variant Epsilon a attiré l’attention en raison de ses mutations spécifiques dans la protéine Spike, qui peuvent avoir un impact sur sa transmissibilité et son évasion potentielle du système immunitaire.
Des études ont suggéré que la variante Epsilon est plus transmissible que les souches antérieures du virus, mais pas aussi transmissible que certaines des variantes en circulation les plus préoccupantes, telles que Delta.
Âge
La variante Eta, également connue sous le nom de lignée B.1.525 ou VUI-21FEB-03, est une autre variante du virus SARS-CoV-2. Contrairement aux variantes Alpha, Beta et Gamma, Eta ne porte pas la mutation N501Y. Cependant, il partage la mutation E484K avec ces variantes :
- La Gamme
- Zeta
- bêta
Eta présente également la même délétion trouvée dans la variante Alpha et les mutations N439K et Y453F trouvées dans les variantes B.1.141, B.1.258 et Cluster 5.
Iota
La variante Iota, également connue sous le nom de lignée B.1.526, est une variante du SRAS-CoV-2 et a été identifiée pour la première fois à New York en novembre 2020. Cette variante porte deux mutations importantes : la mutation de pointe E484K, qui peut aider le virus échappent aux anticorps et à la mutation S477N, qui améliore sa liaison aux cellules humaines.
En février 2021, le variant Iota s’était rapidement propagé dans la région de New York, représentant environ une séquence virale sur quatre. Au 11 avril 2021, il avait été détecté dans au moins 48 États américains et 18 pays.
Selon le schéma de dénomination simplifié de l’OMS, B.1.526 a été désigné comme variante Iota. Il est actuellement classé comme variante d’intérêt (VOI) mais pas encore comme variante préoccupante.
Kappa
La variante Kappa, également connue sous le nom de lignée B.1.617.1, est une sous-lignée B.1.617 de la lignée Pango. Il a été initialement identifié en Inde en décembre 2020. Fin mars 2021, la sous-variante Kappa était devenue prédominante, représentant plus de la moitié des séquences soumises en provenance d’Inde. Le 01er avril 2021, il a été désigné comme variante sous enquête (VUI-21APR-01) par Public Health England.
Zeta
Le variant Zeta, également connu sous le nom de lignée P.2, est un variant du SRAS-CoV-2, le virus responsable du COVID-19. Il a été détecté pour la première fois à Rio de Janeiro et portait la mutation E484K mais pas les mutations N501Y et K417T. Notamment, il a évolué indépendamment à Rio de Janeiro et n’est pas directement lié au variant Gamma de Manaus.
Selon le schéma de dénomination simplifié proposé par l’OMS, la lignée P.2 a été désignée comme « variante Zeta » et a été initialement classée comme variante d’intérêt (VOI) mais pas comme variante préoccupante.
En novembre 2020, une augmentation de la prévalence du variant Zeta a été observée parmi les séquences génétiques de l’État de São Paulo, précédant une deuxième vague d’infections. Cependant, depuis juillet 2021, le variant Zeta n’est plus considéré comme un variant d’intérêt par l’OMS.
Mu
Le variant Mu, également connu sous le nom de lignée B.1.621 ou VUI-21JUL-1, a été initialement identifié en Colombie en janvier 2021 et a été classé comme variant d'intérêt par l'OMS le 30 août 2021. Le variant Mu porte des mutations spécifiques qui soulèvent des inquiétudes quant à une résistance potentielle aux vaccins existants, soulignant la nécessité de recherches et de compréhension plus approfondies.
Des épidémies du variant Mu ont été signalées en Amérique du Sud et en Europe. Au sein de la lignée B.1.621, une sous-lignée appelée B.1.621.1 est identifiée à l'aide de la nomenclature PANGO. Cette sous-lignée a déjà été détectée dans plus de 20 pays à travers le monde.
Suivi actuel des variantes du SRASCoV-2
Selon le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies, les sous-variantes d'Omicron sont les seules variantes en circulation.
Ils ont désamorcé les variantes précédentes et les anciennes sous-variantes d’omicron, notamment :
- Alpha
- Epsilon
- Âge
- Kappa
- Iota
- Zeta
- Mu
- bêta
- La Gamme
- Delta
Malgré cela, l’émergence d’un nouveau variant est toujours possible et votre statut vaccinal est un excellent moyen de prévenir les risques futurs de contracter ces maladies infectieuses.
